工资按自然月计算的处理中，存在以下特殊情况会影响合法性判断：
1. 不可抗力导致延迟支付：如遇地震、洪水等自然灾害，用人单位无法按时支付自然月工资，可依据法律规定延迟支付，但需及时通知劳动者并说明理由，否则仍可能被认定为拖欠工资。
2. 员工个人原因导致出勤不足：若员工因事假、旷工等个人原因在自然月内未全勤，用人单位可按劳动合同约定扣除相应工资，但需确保扣除比例符合法律规定（如事假扣除当日工资，不得超额克扣）。
3. 特殊行业的计薪周期：部分行业（如建筑行业）因项目周期较长，可能与劳动者约定按自然月预发工资、项目结束后结算，但需在劳动合同中明确约定，且预发工资不得低于当地最低工资标准，否则仍属违法。
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工资按自然月计算可能存在以下法律风险，需引起注意：
1. 拖欠工资的法律风险：若用人单位未按自然月约定时间支付工资，如约定每月10日支付上月工资，但连续3个月延迟至20日支付，劳动者可依据《劳动法》第五十条要求用人单位支付拖欠工资，并可能主张赔偿金。
2. 工资计算错误的风险：若用人单位按自然月计算工资时，未将加班工资、带薪假期工资计入，如国庆假期属于法定休假日，用人单位未支付该期间工资，则违反《劳动法》第五十一条，劳动者可要求补发并承担相应责任。
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工资按自然月计算过程中，劳动者常因错误操作导致权益受损，以下是常见的错误行为：
1. 忽视劳动合同约定：未仔细阅读劳动合同中关于自然月计薪的条款，导致对工资支付时间、计算方式认知模糊，事后发现问题时无法举证。
2. 未及时留存证据：未保存工资条、考勤记录等关键材料，当用人单位拖欠自然月工资时，因缺乏证据无法有效维权。
3. 超过仲裁时效维权：劳动争议仲裁时效为一年，若发现自然月工资被克扣或拖欠后未在一年内主张权利，可能丧失胜诉权。
若您已出现上述错误操作或对维权流程不清晰，建议尽快向律师咨询，避免权益进一步受损。
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关于工资按自然月计算是否合法的问题，核心需结合法律规定与实际执行情况判断。以下为具体分析：
工资按自然月计算本身是合法的。
1. 若用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定工资按自然月计算（如每月1日至当月最后一日为计薪周期），且按月足额支付工资，未拖欠或克扣，则符合法律规定。
2. 若用人单位虽按自然月计算工资，但存在未按月支付（如跨月延迟支付）、无故克扣工资或未按实际出勤天数折算工资等情形，则可能违反法律规定。
3. 若自然月计薪周期与劳动合同约定的支付日期冲突（如合同约定每月5日支付上月工资，但实际延迟至15日），且未与劳动者协商一致，则属于拖欠工资的违法行为。

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